Krytykowanie przez ojca nazistów zmusiło rodzinę Ratzingerów do kolejnej przeprowadzki. W 1932 zamieszkali oni w miejscowości Aschau am Inn. Rodzina zajęła pierwsze piętro budynku, pobudowanego przez miejscowego rolnika, który wydzierżawił go miejscowej policji. Ratzinger jako komisarz miał prawo do piętra, natomiast na parterze znajdowały się biura oraz mieszkanie jego pomocnika. Właśnie w tej miejscowości przyszły papież zakochał się w mszy św. Jak wynika ze wspomnień, miało to miejsce podczas rezurekcji wielkanocnej, gdy okna kościoła były zasłonięte, zaś w momencie zaintonowania przez księdza pieśni Chrystus zmartwychwstał odsłaniano okna i kościół zapełniał się światłem – Było to robiące największe wrażenie przedstawienie zmartwychwstania Chrystusa, jakie mogę sobie wyobrazić. Tam też Joseph otrzymał pierwszy mszalik z tekstem łacińskim i niemieckim[15].
W 1937 Joseph ukończył sześćdziesiąty rok życia i zgodnie z prawem nabył uprawnienia emerytalne. Rodzina wówczas przeprowadziła się do liczącej ok. 11 000 mieszkańców miejscowości Traunstein. Zamieszkali w starym drewnianym domu, który został zakupiony przez ojca w 1933 z myślą o emeryturze[16].
Do 1937, kiedy przeprowadzili się do Traunstein, ojciec Joseph służył w Bawarskiej Policji Landowej (Landespolizei) i w niemieckiej policji państwowej (Ordnungspolizei). Londyński „Sunday Time” pisał o Ratzingerze seniorze jako antynaziście, którego próby powstrzymania Brązowych Koszul (Oddziałów Szturmowych SA) zmusiły do kilku przeprowadzek wraz z rodziną[17]. Według „International Herald Tribune”[18] przeprowadzki te były bezpośrednio związane z postawą Josepha Ratzingera, który sprzeciwiał się nazizmowi, czego rezultatem były degradacje i przeniesienia. Brat papieża, Georg powiedział: Nasz ojciec był zaciekłym przeciwnikiem nazizmu, ponieważ uważał, że było to w sprzeczności z naszą wiarą[19]. Jednak rodzinę dotknęły także boleśniejsze represje ze strony reżimu. John Allen (watykański komentator), donosi o słowach wygłoszonych przez kardynała Ratzingera 28 listopada 1996 w Watykanie: Kuzyn cierpiący na zespół Downa, który w 1941 miał 14 lat i był zaledwie kilka miesięcy młodszy (niż Ratzinger), został zabrany przez nazistowskie władze na terapię. Niedługo później rodzina otrzymała informacje o jego śmierci[20].
Przez następne dwa lata przyszły papież uczęszczał do miejscowego gimnazjum. Podróż do szkoły w jedną stronę zajmowała mu około 30 minut. Uczył się w nim intensywnie greki i łaciny. Później pisał: spoglądając wstecz, wydaje mi się, że kształcenie bazujące na dorobku starożytności greckiej i łacińskiej stanowiło duchową postawę, która odpierała zniewolenie przez totalitarną ideologię[21]. Ze szkoły, do której uczęszczał, zwolniono po kolei dwóch dyrektorów, którzy przeciwstawiali się nazistowskiej ideologii. Niedługo później ograniczono naukę greki i łaciny. Podczas pobytu w Traunstein zafascynował się Mozartem. W 1996 Ratzinger zapisał: w żadnym wypadku nie można uznać jej za czystą igraszkę – słychać w niej cały tragizm ludzkiego bytu[21]. Znajdował chociaż 15 minut dziennie, żeby grać na fortepianie utwory Mozarta, Beethovena. Próbował również Brahmsa, ale były dla niego zbyt trudne[21].
Według kuzynki, Eriki Kropp, Ratzinger od dzieciństwa nie chciał zostać nikim innym niż księdzem. Kiedy miał 15 lat, mówił, że zostanie biskupem, a ona żartobliwie zapytała „Czemu nie papieżem?”[22]. Wcześniej (w 1932) do miasteczka, w którym mieszkali Ratzingerowie, przyjechał arcybiskup Monachium, Michael von Faulhaber. Pięcioletni Joseph był w grupie dzieci wręczających kardynałowi kwiaty; tego dnia powiedział, że także chciałby zostać kardynałem.
W 1939 wstąpił do niższego seminarium w Traunstein. Musiał wówczas zamieszkać w szkole. Ponieważ jego starszy brat wcześniej rozpoczął naukę w seminarium, toteż znał już kilka osób uczących się w tej szkole. Codziennie musiał także dwie godziny spędzać na boisku szkolnym. Ponieważ był niższy i słabszy fizycznie, było to niezbyt miłe doświadczenie. W 1942, gdy III Rzesza prowadziła wojnę z ZSRR, zaszła konieczność zamiany seminarium na szpital wojskowy, zaś studentów odesłano do domu. Georg został wzięty do wojska, zaś Joseph ponownie powrócił do nauki w gimnazjum, gdzie odkrył wspaniałą literaturę, zwłaszcza Goethego i Schillera. Przebywał tutaj do 1943[21].
W wieku 14 lat (w 1941), został członkiem Hitlerjugend, w której to organizacji członkostwo było obowiązkowe od 25 marca 1939. Według korespondenta tygodnika „National Catholic Reporter” Johna Allena, Ratzinger nie podchodził entuzjastycznie do członkostwa w tej organizacji, odmawiał brania udziału w spotkaniach. Ratzinger wspominał, że nazistowski profesor matematyki postarał się o zmniejszenie mu czesnego w szkole. Do tego teoretycznie była wymagana dokumentacja obecności na spotkaniach Hitlerjugend, jednak według Ratzingera profesor załatwił mu stypendium bez konieczności udziału w zebraniach[23].